În cazul ginecologiei, ozonoterapia are numeroase efecte benefice în ceea ce privește insuficiența fetoplacentară, amenințării de avort, anemiei din cadrul sarcinii și gestozei. În același timp, sunt reduse și o serie de riscuri, precum cel al complicațiilor și al infecțiilor intrauterine, ce pot afecta fătul.
De asemenea, are acțiuni puternice asupra virusurilor, bacteriilor și fungilor, fiind un tratament excelent împotriva afecțiunilor precum este candidoza vaginală.